Узнал от родственника что про новое междометие написали на сайте грамота.ру. Вот что там написано:
Междометие пупупу выражает задумчивость, замешательство или же грусть и разочарование; оно показывает реакцию говорящего на неприятную или сложную ситуацию.
Я несогласен с авторами грамоты ру, думаю что появилось и распространилось оно из-за меме с героем сереала «Пацаны» Хоумлендером.

Еще в статье есть интересный термин — пауза хезитации.
В лингвистике есть термин «пауза хезитации» (от латинского haesito ‘застревать, задерживаться’, ‘колебаться’) — пауза в речи, которая связана с волнением, обдумыванием высказывания или подыскиванием нужного слова.